Chữ Indonesia xuất phát từ từ Indus trong tiếng Latinh, có nghĩa "Ấn Độ", và từ nesos trong tiếng Hy Lạp, có nghĩa "hòn đảo".[5] Tên gọi này đã có từ thế kỷ XVIII, rất lâu trước khi nhà nước Indonesia độc lập hình thành.[6] Năm 1850, George Earl, một nhà phong tục học người Anh, đã đề xuất thuật ngữ Indunesians — và, từ được ông thích hơn, Malayunesians — để chỉ những người dân sống trên "Quần đảo Ấn Độ hay Quần đảo Malaya".[7] Cũng trong bài viết đó, một sinh viên của Earl là James Richardson Logan, đã sử dụng Indonesia như một từ đồng nghĩa với Quần đảo Ấn Độ.[8] Tuy nhiên, các tài liệu của viện hàn lâm Hà Lan viết về Đông Ấn đã lưỡng lự trong việc sử dụng Indonesia. Thay vào đó, họ dùng thuật ngữ Quần đảo Malay (Maleische Archipel); Đông Ấn Hà Lan (Nederlandsch Oost Indië), khái quát chung Indië; phương Đông (de Oost); và thậm chí Insulinde.[9]

Từ năm 1900, tên gọi Indonesia trở nên phổ thông hơn trong các cộng đồng hàn lâm bên ngoài Hà Lan, và các nhóm quốc gia Indonesia đã chấp nhận từ này trong cách thể hiện chính trị.[10] Adolf Bastian, thuộc Đại học Berlin, đã giúp từ này được biết đến rộng rãi hơn qua cuốn sách Indonesien oder die Inseln des Malayischen Archipels, 1884–1894 của ông. Học giả Indonesia đầu tiên sử dụng thuật ngữ này là Suwardi Suryaningrat (Ki Hajar Dewantara), khi ông thiết lập một văn phòng báo chí tại Hà Lan với tên gọi Indonesisch Pers-bureau in 1913.[6]